A pocos días del inicio de la pretemporada de verano, y ya sin la angustia del descenso acechando, asume Omar Asad como nuevo director técnico. En el Torneo Clausura 2010 el club hizo una excelente campaña, terminó en tercer puesto y cosechó 37 puntos, que lo posicionan como el club indirectamente afiliado a la AFA con más puntos en un torneo corto, 44. De esta manera, bajo la dirección técnica de Omar Asad, Godoy Cruz clasificó a la Copa Libertadores, por primera vez en su historia.

Fue el quinto equipo del interior en clasificar a este torneo,el segundo indirectamente afiliado a la AFA, luego de que Talleres de Córdoba disputara la edición del 2002, y el primer equipo mendocino en lograrlo.Con la excelente conducción de Jorge da Silva, se repite el 3° lugar alcanzado en el Clausura 2011 y logra la histórica clasificación a la Copa Sudamericana al ganarle a Racing Club en Avellaneda.