En el debut de la Copa Libertadores 2012, otra vez por el Grupo 8 derrotó por 1-0 a Peñarol, después pierde por goleada frente a Universidad de Chile en Santa Laura y empató 4 a 4 con Atlético Nacional en Mendoza. Luego llegò el empate en Medellín y una nueva derrota ante la U de Chile que dejó al Expreso eliminado de la competencia en la fase de grupos.