Luego de varios años de espera, lucha y esfuerzo, durante el año 2005 logró el campeonato Apertura del Torneo de Primera B Nacional, al haber obtenido 40 puntos, producto de 12 victorias, 4 empates y 3 derrotas con 29 goles a su favor y 14 en contra, El Expreso luchó con Almagro hasta la última fecha, el 3 de diciembre de 2005, Godoy Cruz se consagró campeón al derrotar a Ben Hur 1 a 0, con gol de Mauro Poy, cuando quedaba 5 minutos para terminar el partido, con un hombre menos. Ese año el equipo tuvo a tres goleadores con 5 tantos, Giménez, Torresi y Poy.

Ese triunfo le dio derecho a disputar dos finales contra Nueva Chicago, el campeón del Clausura. El 16 de mayo de 2006, se disputó la primera final en Mataderos, con 7.000 hinchas tombinos apoyando al equipo, el encuentro terminó 1-1,Godoy Cruz se puso en ventaja gracias al gol de Mariano Torresi, después el empate del local lo convirtió Federico Higuaín. El 20 de mayo de 2006 se jugó la revancha en el Malvinas ante 40.000 personas.

Esa noche en un drámatico partido, Godoy Cruz venció a Chicago 3-1, con 2 goles de Daniel Tanque Giménez y uno de Diego Villar para el Bodeguero y Cesar Carranza para el Torito de Mataderos; así el Tomba ganó el global 4-2 y logró su primer ascenso a Primera División.